Në fund të shekullit 19-të tokat e banuara me shqiptarë u vunë përsëri në rrezik kur fqinjët ballkanikë të shqiptarëve filluan aktivisht të ndeshen për të marrë pjesë nga territori i Maqedonisë, kontest që do të shpinte drejt Luftërave Ballkanike.
Territori i Kontestueshëm përfshinte edhe katër vilajetet shqiptare. Patriotët shqiptar filluan përgatitjet për krijimin e një organizate të re për t’iu bërë ballë këtyre rreziqeve në vjeshtën e vitit 1896.
Takimi i parë u mbajt në mars 1897 në Gjakovë kur u krijua Besëlidhja Shqiptare. Në nëntor u mbajt edhe një takim tjetër në Pejë ku morën pjesë 500 veta pas së cilës Stambolli intervenoi dhe shpërndau Besëlidhjen. Në këto rrethana të ndërlikuara rifilluan përpjekjet e atdhetarëve shqiptarë për bashkimin e gjithë popullit dhe për krijimin e një lidhjeje të re, e cila, sipas shembullit të Lidhjes së Prizrenit, do t’i udhëhiqte shqiptarët në luftën për mbrojtjen e tërësisë tokësore të Shqipërisë dhe për çlirimin e saj. Vatër e përpjekjeve të tilla për formimin e një lidhjeje të re, ashtu si në vitet e Lidhjes së Prizrenit (1878-1881) edhe tani, më 1899, u bënë përsëri qytetet e vilajetit të Kosovës dhe sanxhaku i Dibrës, të cilat kërcënoheshin drejtpërdrejt nga qarqet shoviniste të Serbisë, të Bullgarisë e të Malit të Zi. Lidhja e re shqiptare u krijua pas një pune të madhe përgatitore, organizative e politike, që atdhetarët shqiptarë brenda vendit, të udhëhequr nga Haxhi Zeka dhe shoqëritë patriotike jashtë atdheut, sidomos ato të Bukureshtit dhe Komiteti Shqiptar i Stambollit bënë në fundin e vitit 1898 dhe në janar të vitit 1899. Gjatë kësaj kohe u mbajtën mbledhje të gjera të përfaqësuesve të popullsisë së qyteteve e të rrethinave, si në Pejë, në Mitrovicë, në Prishtinë, në Vushtrri, në Drenicë e në qendra të tjera të vilajetit të Kosovës, ku shqiptarët dhanë besën dhe shprehën gatishmërinë për të formuar lidhjen. Këto mbledhje të njëpasnjëshme të popullsisë shqiptare, si edhe letërkëmbimi i dendur i Haxhi Zekës me qendrat e ndryshme të vilajetit të Kosovës, të Shkodrës, të Manastirit e të Janinës, tregojnë se organizatorët e Lidhjes kishin ndërmend të thërrisnin një kuvend të përgjithshëm shqiptar, ku të merrnin pjesë delegatë nga të gjitha krahinat e Shqipërisë dhe të të gjitha besimeve, myslimanë, katolikë e ortodoksë. Edhe përfaqësuesit e popullsisë së Shkodrës, të Dibrës, të Prishtinës, të Pazarit të Ri, si edhe të Shqipërisë së Jugut , kërkonin që të thirrej sa më shpejt kuvendi që po përgatitej për organizimin e shqiptarëve në një lidhje të përgjithshme. Në këtë periudhë përgatitore udhëheqësit e lëvizjes shqiptare përcaktuan edhe programin e këtij kuvendi, i cili, i përpunuar tanimë që në kohën e Lidhjes së Prizrenit (1878-1881) dhe në memorandumet shqiptare të viteve 1896-1898 përmbante dy çështje themelore: ruajtjen e tërësisë territoriale të vendit dhe formimin e një Shqipërie autonome, ku të përfshiheshin të katër vilajetet shqiptare. Fryt i këtyre përpjekjeve ishte thirrja e Kuvendit Kombëtar Shqiptar, i cili i zhvilloi punimet e tij në Pejë më 23-29 janar të vitit 1899, ku morën pjesë përfaqësues të parisë dhe të popullsisë së vilajetit të Kosovës, si dhe përfaqësues të veçantë të vilajeteve të Manastirit e të Janinës. Këtu u shpall formimi i lidhjes së re shqiptare që, sipas shembullit të Lidhjes të Prizrenit të vitit 1878, u quajt Lidhja e Pejës.
Kryetar i Kuvendit dhe i Komitetit drejtues të Lidhjes u zgjodh Haxhi Zeka. Kuvendi i zhvilloi punimet e tij në formën e mbledhjeve të ngushta, ku merrnin pjesë një numër i vogël delegatësh, ose duke organizuar tubime të gjera, me 450-500 pjesëmarrës, përfaqësues të shtresave të ndryshme të popullsisë së vilajetit të Kosovës dhe të vilajeteve të tjera shqiptare. Ndërsa 36 delegatët, që gëzonin të drejtën e votës, vinin nga qytetet e vilajetit të Kosovës dhe ishin përfaqësues të shtresave të mesme qytetare e fshatare, mësues të shkollave gjysmë të mesme dhe të medreseve turke, nëpunës të administratës lokale, çifligarë të mëdhenj, nëpunës të lartë, klerikë etj. Midis tyre ishin Haxhi Zeka, Halil Hasan pashë Begolli, Myderiz Ismaili, Myderiz Abdullahu, Myfti Salihu, Bajram Curri, Myderiz Mehmet Hamdiu, Mehmet Aqifi, Zenel Beu, Ali pashë Draga nga Rozhaja, Ismail Haki pashë Tetova, Abdyl Halimi, Mehmet Sherifi, Myderiz Abdyli, Naxhi Mehmet Sulejmani, Mehmet Aqifi, Mehmet Tahiri, Mehmet Murati nga Senica etj.Përveç 36 delegatëve të vilajetit të Kosovës, që kanë vënë nënshkrimet e tyre në vendimet e Kuvendit të Pejës, në këtë tubim morën pjesë edhe përfaqësues të veçantë të vilajeteve të tjera shqiptare, të Shkodrës, të Manastirit e të Janinës.
Kuvendi e vuri theksin sidomos te rreziku i aneksimit të vilajeteve shqiptare të Kosovës e të Manastirit dhe shprehu gatishmërinë për të mobilizuar gjithë shqiptarët në rast se atdheu sulmohej nga cilado anë qoftë dhe veçanërisht në rast se sulmoheshin këto vilajete, që shtetet fqinje dhe Fuqitë e Mëdha i përfshinin në të ashtuquajturën Maqedoni. Në rast lufte ishte vendosur të bëhej një ndarje e tillë e forcave shqiptare, që do të mbronin atdheun: ato të sanxhakut të Prishtinës, të Pazarit të Ri e të Dibrës do të ruanin kufijtë verilindorë kundër Serbisë, forcat e Pejës, të Plavës dhe të Shkodrës kufirin me Malin e Zi dhe ato të vilajetit të Janinës (të Shqipërisë së Jugut) do t’i kundërviheshin Greqisë. Por në luftën për mbrojtjen e tërësisë territoriale të Shqipërisë ishte e interesuar edhe Porta e Lartë, që përpiqej të ruante paprekshmërinë e Perandorisë Osmane. Atdhetarët shqiptarë përfituan nga ky interesim i Stambollit, për ta organizuar, nëpërmjet një veprimtarie legale, popullin dhe për ta bashkuar në një lidhje të re, e cila mori përsipër mbrojtjen e tërësisë së territoreve shqiptare. Prandaj me frazat “për besnikërinë ndaj sulltanit”, “për gatishmërinë për të jetuar në suazat e pushtetit të tij”, që përfshiheshin në hyrjen e Rezolutës së Kuvendit të Pejës, drejtuesit e Lidhjes nuk kishin aspak ndërmend të përjetësonin sundimin osman në Shqipëri, por të shprehnin synimet e tyre për të mbrojtur paprekshmërinë territoriale të Shqipërisë, për të mos lejuar që ajo të kalonte nga sundimi osman, i cili ishte në kalbëzim e sipër dhe po shkonte dita-ditës drejt fundit, nën një robëri të re edhe më të rrezikshme të shteteve ballkanike ose të ndonjë prej fuqive evropiane. Në Rezolutën e Kuvendit të Pejës bëhej një dallim i përcaktuar qartë ndërmjet Perandorisë Osmane, “shtetit osman” dhe “atdheut të shqiptarëve”, Shqipërisë. Forcat vullnetare të Lidhjes, siç thuhej në këtë dokument, do të përdoreshin pikërisht për mbrojtjen e “atdheut të shqiptarëve”, “në rast të një sulmi mbi Maqedoninë (ku shtetet ballkanike përfshinin edhe vilajetet shqiptare të Kosovës e të Manastirit) dhe mbi atdheun tonë”.
Shprehja e besnikërisë së Kuvendit ndaj fesë islame, që përfshihej gjithashtu në Rezolutë, ishte padyshim rrjedhojë e ndikimit te popullsia myslimane shqiptare e fesë islame. Nuk mund të mohohet ndikimi negativ që një deklaratë e tillë ushtronte në përpjekjet për bashkimin e shqiptarëve pa dallim feje, aq më shumë kur edhe qeveria e sulltanit nxiste fanatizmin mysliman për t’i përçarë shqiptarët. Megjithatë, këto shprehje nuk cenonin përmbajtjen themelore të Rezolutës, që mishëronte synimin e atdhetarëve për të bashkuar, nën drejtimin e Lidhjes, gjithë shqiptarët, myslimanë e të krishterë. Prandaj edhe shtypi shqiptar i kohës e sidomos revista “Albania” e Faik Konicës, duke kundërshtuar pikëpamjet e atyre që synonin ta paraqitnin Kuvendin e Pejës si një “kongres fetar mysliman”, e quajti atë “një asamble kombëtare, që u mbajt në Shqipëri, ku u diskutua në gjuhën shqipe rreth mjeteve për mbrojtjen e truallit shqiptar, që kishte një karakter me të vërtetë kombëtar dhe do të sillte si rrjedhojë forcimin e idesë së atdheut shqiptar”. Në Kuvendin e Pejës, sidomos në mbledhjet e tij të fshehta, ashtu siç ishte parashikuar, u diskutua edhe çështja e autonomisë së Shqipërisë. U arrit në përfundimin që Lidhja të kërkonte autonominë dhe, si masë e parë drejt saj, do të ishte emërimi i Haxhi Zekës si guvernator i pavarur i Shqipërisë, që të vendosej një administratë e veçantë kombëtare dhe të formohej një ushtri shqiptare nën sovranitetin e sulltanit. Por, nga njëra anë rreziku i jashtëm, që kërcënonte tërësinë e Shqipërisë dhe, nga ana tjetër prania në Kuvendin e Pejës, krahas ithtarëve të autonomisë të grupuar rreth Haxhi Zekës, edhe e përfaqësuesve të forcave konservatore, prosulltaniste, siç ishin Halil pashë Begolli, Zejnel Efendiu, Zajmët e Pejës, Ismail Haki pasha etj., që kundërshtonin çdo ndryshim në marrëdhëniet e shqiptarëve me Stambollin, bënë që kërkesa e autonomisë të mos formulohej haptazi e të mos përfshihej në Rezolutën e atij Kuvendi. Megjithatë, Rezoluta e Kuvendit të Pejës e janarit të vitit 1899 shprehte synimin e shqiptarëve për të vetëqeverisur vendin e tyre, parashikonte zbatimin e masave të tilla, të cilat do të çonin gradualisht në vendosjen e një statusi autonom për katër vilajetet shqiptare. Në Rezolutë parashikohej që Lidhja ta shtrinte veprimtarinë e vet në vilajetet shqiptare të Kosovës, të Shkodrës, të Manastirit e të Janinës, ku do të formoheshin komitetet e saj. Organizimi i Lidhjes si një institucion shqiptar, me komitetet e pajtimit dhe të sigurimit që u ngritën në qytete të ndryshme të Shqipërisë, shprehte synimet e shqiptarëve për një administrim autonom, veçanërisht për të arritur vetë bashkimin kombëtar dhe për të organizuar mbrojtjen e atdheut. Rëndësi të veçantë kishte krijimi nga ana e Lidhjes i ushtrisë shqiptare, në radhët e së cilës menjëherë pas Kuvendit hynë më shumë se 15 mijë vullnetarë. Njësi të tilla vullnetare ushtarake, të përbëra nga mijëra veta, u vendos të formoheshin edhe në kuvendet e tubimet, që u mbajtën në vilajetet e në sanxhakët e tjerë shqiptarë. U vendos që komandantët e të gjitha trupave ushtarake në Shqipëri dhe në krahinat kufitare të ishin shqiptarë. Në Rezolutën e Kuvendit u kërkua gjithashtu që të përqendroheshin në duart e komiteteve të Lidhjes kompetenca të tilla të organeve lokale qeveritare, si lufta kundër hakmarrjes, pajtimi i gjaqeve, ndalimi i keqbërjeve, sigurimi i qetësisë publike, dënimi i atyre që do të kryenin veprime dhune mbi qytetarët, duke përfshirë edhe nëpunësit turq që do të shtypnin popullin e do të bënin padrejtësi. Komitetet e Lidhjes do të merrnin përsipër të mbronin të drejtat e gjithë banorëve të Shqipërisë, pa dallim feje dhe krahine. Në këto kërkesa të Rezolutës shprehej haptazi synimi i Lidhjes për të përqendruar pushtetin shtetëror në duart e komiteteve të saj. Konsulli austriak në Shkodër, Ippen, duke parë në vendimet e Kuvendit të Pejës aspiratat autonomiste të shqiptarëve, vetëm katër ditë pas përfundimit të punimeve të tij i shkruante Vjenës se ato janë të ngjashme me kërkesat e Lidhjes së Prizrenit (1878-1881) dhe se mbështeten në të njëjtin program. Rezoluta e miratuar në Kuvendin e Pejës nuk përbën aktin e vetëm të saj. Po më 29 janar 1899, në ditën kur ky Kuvend mbylli punimet dhe shpalli vendimet e tij, një Komitet Ekzekutiv Shqiptar me qendër në Bukuresht, që ishte në dijeni të punimeve të Kuvendit të Pejës e bashkëpunonte me organizatorët e tij, botoi në gjuhën turke thirrjen “Rruga e shpëtimit është në Besa-Besën!”. Thirrja ishte hartuar nga Dervish Hima. Titulli i thirrjes, koha kur u publikua dhe përmbajtja e saj dëshmojnë se ajo ishte hartuar posaçërisht për Kuvendin e Pejës dhe përbënte në vetvete një dokument programatik të Lidhjes së re. Ideja qendrore që zotëron në këtë dokument është ajo e bashkimit të të gjithë shqiptarëve, gegë e toskë, myslimanë e të krishterë, nën drejtimin e Lidhjes ose të Besa-Besës. “Ajo që do ta shpëtojë kombin dhe atdheun tonë, – thuhet në thirrje, – është bashkimi, një Besëlidhje e përgjithshme, një Besa-Besë”. Shtrohej si kërkesë kryesore shtrirja e Lidhjes në vilajetet e Shkodrës, të Kosovës, të Manastirit e të Janinës, “të cilët formojnë vendin që quhet Shqipëri”, kërkohej bashkimi i tyre nën drejtimin e Lidhjes, thirrja e një Kuvendi të Përgjithshëm ose e një Pleqësie, që do të miratonte një statut (rregullore) a një kushtetute të veçantë për administrimin e vilajeteve të bashkuara. Zbatimi i këtyre kërkesave do të çonte në formimin e një njësie të vetme territoriale-administrative shqiptare, të qeverisur nga vetë shqiptarët, ndërsa Lidhja do të kthehej në një organizatë të përgjithshme, e veshur me atribute shtetërore. Ndër masat më të para dhe më të domosdoshme për kombin, që duhej të përmbushte Lidhja Shqiptare, ishte edhe hapja e shkollave shqipe dhe mbyllja e shkollave të huaja, “që qenë shndërruar në fole intrigash”, formimi i ushtrisë shqiptare ose i një garde kombëtare, pajtimi i gjaqeve, zhvillimi i bujqësisë, i transportit etj. Zbatimi nga Lidhja i kërkesave të tilla do të çonte dora-dorës në përmbushjen e programit themelor të Lëvizjes Kombëtare Shqiptare, në ruajtjen e tërësisë së territoreve shqiptare dhe në bashkimin e tyre në një shtet autonom. Megjithëse Kuvendi i Pejës i kaloi caqet e “lejuara” (shfaqi synimet e shqiptarëve për vetëqeverisjen e vendit), Porta e Lartë në ditët e para pas formimit të Lidhjes nuk guxoi të dilte haptazi kundër saj dhe nuk mori masa të menjëhershme ushtarake për shtypjen e saj. Ky qëndrim diktohej, padyshim, nga interesimi i Stambollit për mobilizimin e forcave ushtarake shqiptare në luftën kundër rrezikut të një sulmi nga jashtë mbi Turqinë Evropiane. Porta ishte e detyruar të vepronte përkohësisht kështu edhe për shkak se nuk ishte në gjendje ta shtypte menjëherë Lidhjen që mbështetej te shqiptarët e armatosur. Por pak ditë pas mbledhjes së Pejës, me shtrirjen e komiteteve të saj në qytete të tjera dhe me zgjerimin e me thellimin e veprimtarisë së tyre kombëtare, kontradiktat e Portës së Lartë me shqiptarët u acaruan dhe ajo ndryshoi qëndrimin ndaj Lidhjes. Duke qenë edhe nën trysninë e Rusisë e të Austro-Hungarisë, që shikonin te lëvizja shqiptare një rrezik për prishjen e status quo-së në Ballkan, qeveria e sulltanit nxori një varg urdhëresash për t’i çarmatosur shqiptarët dhe për të asgjësuar Lidhjen. Qysh në shkurt të vitit 1899, sulltani urdhëroi valinjtë e Shkodrës e të Kosovës, që të mos lejonin në të ardhmen asnjë mbledhje të shqiptarëve dhe të ndalonin çdo orvatje të Lidhjes për të organizuar kuvendet e saj. Në fazën e parë sulltani, për të paralizuar Lidhjen, në vend të forcës ushtarake përdori politikën e përçarjes, duke nxitur kundër saj disa nga përfaqësuesit e parisë konservatore me prirje turkomane. Porta u mbështet sidomos te Riza bej Kryeziu, i cili që në fillim i ishte kundërvënë Lidhjes. Por qëndresa e shqiptarëve bëri që të dështonin këto orvatje të para të Portës së Lartë. Në vjeshtën e vitit 1899 lëvizja kombëtare, e udhëhequr nga Lidhja Shqiptare e Pejës, hyri në një fazë të re, filloi lufta kundër administratës osmane në tërësi për të vendosur një administratë shqiptare. Kjo luftë u gërshetua me qëndresën e armatosur të masave kundër përpjekjeve të Portës së Lartë për të shpërndarë komitetet e Lidhjes dhe për të rivendosur autoritetin e organeve shtetërore osmane në viset ku qeveriste Lidhja.Sado që kjo qëndresë nuk u shtri në mbarë Shqipërinë, ajo ishte një përpjekje për të përmbushur programin e Lidhjes dhe të lëvizjes kombëtare në tërësi, për formimin e një Shqipërie autonome. Vatër kryesore e kësaj lëvizjeje u bë sanxhaku i Dibrës. Në shtator të vitit 1899 Porta e Lartë ndërmori këtu një varg masash, siç ishte rivendosja e gjykatave osmane, të suprimuar nga Lidhja etj., që kishin për qëllim të zhvishnin Komitetin e Dibrës nga kompetencat shtetërore dhe ta asgjësonin atë përfundimisht. Këto masa shtypëse të qeverisë u bënë shkak për shpërthimin e kryengritjes popullore, të udhëhequr nga Komiteti i Lidhjes për Dibrën. Më 17 tetor mijëra malësorë zbritën nga fshatrat dhe u bashkuan me popullsinë qytetare të Dibrës e të qendrave të tjera të këtij sanxhaku. Kryengritësit dëbuan nëpunësit osmanë, izoluan mytesarifin dhe shtinë në dorë postë-telegrafën. Përveç Selim Rusit, Nurçe Pustinës dhe drejtuesve të tjerë të Komitetit, me organizimin e qëndresës së armatosur në këtë sanxhak merrej edhe Hamdi Ohri, i cili sapo ishte liruar nga internimi pas kërkesës këmbëngulëse të Lidhjes. Për katër muaj me radhë, nga fundi i tetorit 1899 e deri në janar 1900, pushteti faktik në sanxhakun e Dibrës u përqendrua në duart e shqiptarëve, të udhëhequr nga Komiteti i Lidhjes, ndërsa qeverisë dhe autoriteteve lokale nuk u mbeti asnjë fuqi.Më 6 nëntor, në emër të Komitetit Arsimor Shqiptar të Dibrës, që vepronte si organ i Lidhjes Shqiptare, iu dërgua sulltanit një promemorje, në të cilën kërkohej të themeloheshin shkolla shqipe në këtë sanxhak. Promemorja qe nënshkruar nga Shyqri Çoku (nipi i Iljaz pashë Dibrës), Hamdi Ohri dhe nga atdhetarë të tjerë, gjithsej 31 veta.Meqë edhe kjo kërkesë nuk u miratua nga qeveria, më 8 dhjetor kryengritësit rifilluan veprimet e tyre, sulmuan selitë e administratës lokale, dëbuan ushtritë osmane nga qyteti ose e izoluan atë në kazerma. Në Dibër u përqendruan edhe 1 500 shqiptarë të armatosur, që zbritën nga Malësia e Dibrës së Poshtme, nga Mati, nga Luma e nga Selishta.Duke marrë zemër nga lëvizja kryengritëse në Kosovë, që po në këtë kohë përfshiu Prishtinën, Pejën, Gjakovën e Drenicën, popullsia e Dibrës i zgjeroi veprimet e saj. Në javën e parë të dhjetorit këtu qenë grumbulluar 3 000-3 500 kryengritës, që shtinë në dorë thuajse të gjitha lagjet e qytetit. Sulltani u detyrua t’u bënte lëshime kryengritësve dibranë, të tërhiqte nëpunësit e gjykatave osmane dhe të njihte pushtetin gjyqësor të vendosur nga Lidhja, ndërsa në shkurt pushoi edhe mytesarifin e sanxhakut të Dibrës.Në një kohë me qëndresën kundërosmane atdhetarët dibranë Selim Rusi, Hamdi Ohri, Halit Bërzeshta etj., në bashkëpunim me Haxhi Zekën, vijuan përpjekjet për të zgjatur afatin e Lidhjes, për të forcuar pushtetin e saj në këtë sanxhak dhe për të thirrur një Kuvend të Përgjithshëm. Por, për shkak të ndjekjeve të autoriteteve osmane, përpjekjet që u bënë në nëntor të vitit 1899 për të mbajtur një mbledhje të përgjithshme të Lidhjes në sanxhakun e Dibrës nuk dhanë rezultat.Më 16 shkurt, pa marrë ende fund kryengritja e Dibrës, atdhetarët kosovarë, të drejtuar nga Idriz Gjakova, një nga atdhetarët më me ndikim në këtë trevë, organizuan një manifestim të fuqishëm në Shkup, që u kthye në një kryengritje të armatosur. Kryengritësit kërkuan pushimin e valiut të Kosovës, Mehmet Hafiz pashës, të kryetarit të bashkisë dhe të funksionarëve të tjerë të administratës osmane në Shkup. Atdhetarët shqiptarë synonin ta kthenin Shkupin, kryeqendrën e vilajetit të Kosovës, në vatër të Lëvizjes Kombëtare Shqiptare në tërësi dhe nëpërmjet kryengritjes që organizuan në këtë qytet të përmbushnin kërkesat autonomiste të saj. Për këtë qëllim u formua edhe Komiteti i Shkupit, që doli nga gjiri i kryengritjes dhe që merrej me udhëheqjen e saj. Kryengritësit e Shkupit, si edhe të viseve të tjera të Shqipërisë, shtruan si kërkesë themelore autonominë e Shqipërisë nën sovranitetin e sulltanit.Në fillim të marsit në Shkup u mblodhën 2 000 shqiptarë të armatosur, që iu kundërvunë ushtrive osmane, të cilat mbronin selitë e administratës lokale. Me kryengritësit shqiptarë u bashkua edhe popullsia sllavo-maqedone e Shkupit. Pushimi nga sulltani më 13 mars të vitit 1900 i valiut të Kosovës, Mehmet Hafiz pashës, ndonëse përbënte një fitore të kryengritësve kosovarë, nuk mund të sillte përmbushjen e programit kombëtar të lëvizjes shqiptare. Porta e Lartë, megjithëse kishte shpallur amnistinë, arrestoi më 18 mars udhëheqësit e kryengritjes së Shkupit, Idriz Gjakovën, Haxhi Raufin e të tjerë, që u dërguan në Bitlis. Këto masa u bënë shkak për një manifestim tjetër, që u organizua më 20 mars, në të cilin morën pjesë 3 000 veta; ata kërkuan lirimin e menjëhershëm të Idriz Gjakovës dhe udhëheqësve të tjerë të kryengritjes. Manifestimet që shpërthyen në Shkup në mars të vitit 1900, vijuan pa ndërprerje deri në vjeshtën e atij viti.Në ditët e fundit të shkurtit dhe në fillim të marsit qëndresa kundër administratës osmane u shtri në Mitrovicë e në krahinën e Drenicës. Në krye të kësaj lëvizjeje ishte vënë Komiteti i pajtimit, i Lidhjes Shqiptare për Mitrovicën e për Drenicën. Po në fundin e shkurtit dhe në fillim të marsit ndodhën përleshje të armatosura në rrethet e Prishtinës, ku qindra kryengritës, që kishin zbritur nga Çiçavica, u përleshën në hyrje të qytetit me trupat osmane. Populli kërkonte largimin e mytesarifit dhe të funksionarëve të tjerë osmanë nga Prishtina.Lëvizja përfshiu edhe sanxhakun e Prizrenit, ku popullsia myslimane e katolike ngriti krye duke kërkuar gjithashtu largimin e mytesarifit e të nëpunësve të tjerë. Në Prizren u rimëkëmb Besa dhe u vendos të mbahej një tubim i përgjithshëm për të konsoliduar Lidhjen Shqiptare.Masat shtypëse të Portës së Lartë dhe futja e një shtese të re të taksave u bënë shkak që të shpërthente (në mars të vitit 1900) lëvizja kundërosmane në Mitrovicë, në Senicë dhe në Pazarin e Ri, e cila vijoi deri në verën e atij viti, kur mori formën e një kryengritjeje të armatosur. Në korrik-gusht shpërtheu kryengritja në Pejë e në Gjakovë, që e detyroi qeverinë të pushonte mytesarifin e sanxhakut të Pejës.Në qershor Porta e Lartë hodhi ushtri të shumta, të komanduara nga Shemsi Pasha, të cilat kaluan përmes Shkupit në Mitrovicë dhe prej andej në Pazar të Ri e në Senicë. Vetëm në pjesën veriore të vilajetit të Kosovës u përqendruan 14 batalione ushtarësh, 8 000 kalorës e 36 topa, që shtypën me egërsi kryengritjen në Senicë e në Pazarin e Ri. U arrestuan, u burgosën dhe u internuan 573 udhëheqës e veprimtarë të Lëvizjes Kombëtare Shqiptare në këtë trevë. Masat shtypëse të Shemsi Pashës shkaktuan zgjerimin e lëvizjes së armatosur në Pazarin e Ri. Në peticionin që iu dërgua sulltanit, në fundin e gushtit të vitit 1900, me nënshkrimet e 2 000 kryengritësve të Pazarit të Ri, kërkohej lirimi i të burgosurve politikë dhe largimi i funksionarëve të administratës osmane.Në verën e këtij viti shpërthyen konfliktet e armatosura në kazanë e Gjilanit, në jug të Prishtinës; u forcua qëndresa kundërosmane në Shkup, në Ferizaj, në Mitrovicë, në Mat, në Dibër e në vende të tjera të vilajeteve të Kosovës e të Manastirit. Në këto rrethana, sulltani u detyrua të largonte nga vilajeti i Kosovës Shemsi Pashën, të pushonte mytesarifin e Pazarit të Ri dhe të hiqte shtesën e taksës në të gjithë sanxhakët e Kosovës. Megjithatë, konfliktet e shqiptarëve me autoritetet osmane në vilajetin e Kosovës vazhduan deri në shtatorin e vitit 1900.Në pranverën e vitit 1900, duke përfituar nga gjendja e krijuar pas shpërthimit të kryengritjeve në Dibër e në Kosovë, Haxhi Zeka bëri një përpjekje të re për të mbledhur një kuvend tjetër shqiptar, ku të kërkohej autonomia e Shqipërisë. Për këtë, qysh në mars të vitit 1900, ai shkoi në Dibër, ku idetë e Lidhjes ishin ende të fuqishme. Në bisedimet që u zhvilluan në Dibër u arrit në përfundimin që Besa të vendosej për një kohë të gjatë, të paktën për një periudhë pesëvjeçare. Në fundin e prillit Haxhi Zeka arriti të mbajë në Fushë-Kosovë, afër Prishtinës mbledhjen e përfaqësuesve të popullsisë së Prishtinës, të Pejës, të Mitrovicës, të Shkupit, të Tetovës, të Gjilanit, të Rozhajës, të Shkodrës, të Hasit, të Gjakovës, të Dibrës, të Senicës e të Pazarit të Ri. Këtu u diskutuan çështjet që kishin të bënin me Lëvizjen Kombëtare Shqiptare dhe u vendos të thirrej Kuvendi i ri i Përgjithshëm, që do të mbahej në Prizren ose në ndonjë qytet tjetër. Por edhe këtë herë atdhetarët shqiptarë nuk mundën të mblidhnin Kuvendin e Përgjithshëm, për shkak të pengesave që nxori valiu i Kosovës, Reshat Pasha. Edhe sulltani, kur mësoi se Kuvendi do të parashtronte kërkesa kombëtare, urdhëroi valinjtë e Shqipërisë që të mos e lejonin mbajtjen e tij. Po kështu dështuan edhe përpjekjet, që atdhetarët dibranë bënë, në muajt prill-qershor të vitit 1900, për të përforcuar dhe për të zgjeruar Lidhjen Shqiptare. Qeveria e sulltanit, e nxitur edhe nga Fuqitë e Mëdha, të cilat qenë çliruar nga lëvizja maqedone, që tanimë kishte rënë, kundërshtoi çdo kërkesë të shqiptarëve dhe kaloi në sulm të hapur kundër lëvizjes kombëtare në Shqipëri. Në shtator të vitit 1900 Porta e Lartë vetëm kundër vilajetit të Kosovës hodhi 40 mijë ushtarë. Goditjen kryesore Stambolli e drejtoi kundër qëndresës popullore në Shkup, Tetovë, Dibër, Prishtinë, Gjakovë, Mitrovicë e në qendra të tjera. Për shtypjen e kryengritjes në Shkup u ngarkua komandanti i sapoemëruar i xhandarmërisë së kryeqendrës së vilajetit, Mehmet Pasha. Pas përleshjeve që u bënë në Shkup më 15 shtator, komanda e ushtrisë osmane arrestoi edhe 30 veprimtarë të tjerë të lëvizjes shqiptare. Në nëntor u arrestua një nga udhëheqësit e kryengritjes së Shkupit, Haxhi Raufi, me 22 pasues të tij. Terrori dhe arrestimet në Shkup vazhduan deri në fundin e vitit 1900.Nga Shkupi Mehmet pasha u drejtua për në Tetovë dhe prej andej në Dibër, ku mori gjithashtu masa të ashpra për shtypjen e qëndresës popullore dhe për shpërndarjen e komiteteve të Lidhjes. Për të shtypur kryengritjen në qytetet e Kosovës, sulltani dërgoi përsëri Shemsi Pashën, i cili në krye të ushtrive të shumta osmane, gjatë muajve nëntor-dhjetor të vitit 1900, goditi në fillim kryengritësit e Prizrenit dhe shpërndau Komitetin e Lidhjes së këtij sanxhaku. Prej këtej Shemsi Pasha u hodh në Prishtinë, në Pejë, në Gjakovë, në Mitrovicë e në qendra të tjera. Për të vendosur “rendin dhe qetësinë” ai shtypi lëvizjen shqiptare kudo ku shkeli. Këto masa, krahas disa lëshimeve të pjesshme që iu bënë kryengritësve dhe krahas dhuratave e posteve që iu dhanë krerëve konservatorë e turkomanë, përmirësuan përkohësisht pozitat e Perandorisë Osmane në vilajetet e Kosovës e të Manastirit. Në këto kushte Lidhja e Lëvizja Kombëtare Shqiptare në tërësi pësuan humbje të rënda, që çuan në rënien e tyre dhe të luftës për autonominë e Shqipërisë. Në fundin e vitit 1900 Lidhja e Pejës u shtyp pa arritur të përmbushte detyrat e Lëvizjes Kombëtare Shqiptare. Megjithatë, ajo la mbresa të thella në ndërgjegjen e popullit dhe ushtroi një ndikim të fuqishëm në organizimin e mëtejshëm të luftës së armatosur kundër sunduesve osmanë.
